Une gouvernance et une supervision rigoureuses sont essentielles pour assurer le succès d’un projet pancanadien et multipartenaires. 

Actuellement composé de trois associations régionales distinctes, le SIOOC est dirigé par un comité exécutif national, lequel est également responsable de la coordination, de la planification stratégique et de la prise de décisions, conformément à la vision et à la mission du SIOOC. Le Comité consultatif national fournit des conseils à l’externe et aide le SIOOC à maintenir sa pertinence dans le milieu de l’observation des océans tant sur le plan national et qu’international. Enfin, les comités nationaux comptent des représentants de toutes les associations régionales, ce qui permet une approche nationale cohérente et offre une opportunité d’échanger sur les bonnes pratiques.